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Sebbene presenti molti elementi in comune con il metodo scientifico moderno, la procedura di Bacone manca di un elemento fondamentale: la matematica; ovvero lo strumento rigoroso di un'analisi quantitativa delle esperienze scientifiche di cui, di lì a poco, Galilei comprenderà l'importanza fondamentale.

Inoltre, Bacone sostiene, a differenza di Galilei, di voler conoscere lo schematismus latens ed il dinamismus latens della realtà, cioè la struttura nascosta e l'elemento dinamico latente delle cose: in qualche modo, dunque, si può dire che Bacone sia ancora alla ricerca dell'essenza, cosa che lo differenzia moltissimo dalla concezione scientifica moderna.